Kanepi kommun (Kanepi vald) är en kommun i landskapet Põlvamaa i sydöstra Estland. Kommunen ligger cirka 200 kilometer sydöst om huvudstaden Tallinn. Småköpingen Kanepi utgör kommunens centralort.
Den 21 oktober 2017 uppgick de båda kommunerna Kõlleste och Valgjärve i Kanepi kommun.